I dipinti a soggetto sacro confluiti nel corso dei secoli nella Quadreria dell'Ospedale provengono o da lasciti testamentari e donazioni o dalle confische seguite alla soppressione degli enti religiosi, fenomeno frequente tra Sette e Ottocento, che comportò l'incameramento da parte dell'Ospedale cittadino dei patrimoni provenienti da alcune fondazioni soppresse, quali ad esempio i monasteri di S. Paolo d'Argon e di Astino. Appartengono a quest'ultimo gruppo dipinti di grandi dimensioni, raffiguranti storie sacre o figure di vari santi, la cui esatta ubicazione originaria è ancora da individuare nel quadro del complesso capitolo delle soppressioni a Bergamo, ancora in gran parte da ricostruire. I dipinti di piccolo formato, raffiguranti soggetti destinati alla devozione domestica, provengono, invece, molto probabilmente da un contesto profano e quindi dalle dimore dei donatori. Del resto la devozione domestica apparteneva alla prassi quotidiana: i predicatori raccomandavano immagini sacre non solo come oggetti di culto privato ma anche con finalità educative, soprattutto per i bambini. Tra i soggetti ricorrenti aveva un particolare rilievo l'immagine della Madonna col Bambino, solitamente collocata in camera da letto.
Carlo Ceresa, Cristo giudice tra la Madonna e San Giovanni Battista
Henry Eugene Delacroix, Madonna con Gesù Bambino
Pittore bergamasco, Gloria di Santa Chiara
Pittore bergamasco, Vestizione di Santa Chiara
Pittore cremonese, Pietà con pia donna (Santa Maria Maddalena?)
Alessandro Rosi, Riposo nella fuga in Egitto